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苹果手机自动清除短信可能有以下几种原因。
1、可能是设置了自动删除短信的过期时间，如果设置了过期时间，那么超过这个时间期限的短信就会自动被删除，可以在设置中查看是否设置了短信的过期时间，并考虑调整或取消这个设置。
2、可能是手机内存不足，系统会自动删除部分短信以腾出更多空间，可以尝试清理一些不需要的文件和卸载不常用的应用，以释放手机内存。
3、如果使用了某些安全软件或工具清理了缓存区或短信，也可能导致短信被删除，建议查看这些软件的设置，看看是否开启了自动清理功能。
4、如果使用了iCloud备份，并且设置了备份过期时间或自动备份时删除了本地备份，也可能导致短信消失，可以尝试查看iCloud备份设置，并重新备份以避免短信再次丢失。
如果以上原因都排除了，但问题仍然存在，建议联系苹果官方客服寻求进一步的帮助。